در پی انتشار پاسخ شورای نگهبان به درخواست علی لاریجانی رییس سه دورۀ مجلس شورای اسلامی برای اعلام دلایل احراز نشدن صلاحیت او برای انتخابات ریاست جمهوری ۱۴۰۰، علی مطهری نایب رییس پیشین مجلس شورای اسلامی نامه‌ای به آیت‌الله احمد جنتی دبیر شورای نگهبان نوشت. متن نامه مطهری را بخوانید:
«آیت‌الله جنتی، دبیر محترم شورای نگهبان
با اهداء سلام، پاسخ شورای نگهبان به درخواست جناب آقای دکتر علی لاریجانی مبنی بر اعلام دلایل رد صلاحیت ایشان در انتخابات ریاست جمهوری به امضای جناب‌عالی را ملاحظه کردم و موجب تعجب و حیرت گردید. باور نمی‌کنم که شما متن پاسخ را خوانده و امضا کرده باشید و اگر خوانده‌اید در حالت طبیعی بوده‌اید بلکه احیاناً در یک خلسۀ روحانی و عرفانی بوده‌اید و امضا را از شما گرفته‌اند. در این نامه به خانوادۀ آقای لاریجانی و طبعاً به بیت استاد شهید آیت‌الله مطهری که شما افتخار حضور در درس ایشان را داشته‌اید جفای عظیم شده است.
در بند ۴ این نامه به عنوان یکی از دلایل رد صلاحیت آمده است: «اقامت و ادامه تحصیل برخی از منسوبین درجه یک در کشور معاند انگلیس برخلاف مصوبه لازم‌الاجرای شورای عالی امنیت ملی». اولاً این سفر در سال ۸۳ یعنی قبل از آن مصوبه در سال ۸۸ بوده است. ثانیاً از شما سؤال می‌کنم وقتی که همسر دختر قصد ادامه تحصیل در کشور دیگر را دارد پدر حق دارد از همراهی دخترش جلوگیری کند؟
در بند ۵ نامه دلیل دیگر رد صلاحیت به این صورت ذکر شده است: «سفر‌های متعدد اعضای خانواده به خارج از کشور از جمله اروپا و آمریکا و اقامت فرزند دیگر شما در آمریکا.» خوب بود این سفر‌های متعدد را برمی‌شمردید و ضمناً روشن می‌کردید کدام اعضای خانواده؟ همسر جناب لاریجانی همراه دخترشان که به سرطان مبتلا شده بود در سال ۸۷ به توصیه پزشکان برای گرفتن عکسی که دستگاه آن، آنروز در ایران نبود، سفر پنج‌روزه‌ای به انگلستان داشتند. آیا این، سفر‌های متعدد به خارج از کشور از جمله اروپا و آمریکاست؟
عجیب است! به جای آنکه از همسر جناب لاریجانی و فرزند استاد شهید مطهری تجلیل شود که در ۴۰ سالی که آقای لاریجانی سمت‌های مهمی داشته است حتی یک سفر خارجی و داخلی همراه ایشان نرفته است و حتی برای ورود به محل مجلس به مناسبت مراسم روز زن، چون خودرو حامل ایشان پراید بوده و مأموران باور نمی‌کردند که همسر رییس قوه با پراید به مجلس بیاید ایشان را مدتی معطل نگه داشتند، آری به جای اینکه از این زن تجلیل و تقدیر شود، این‌گونه پاداش او را می‌دهید! جا دارد که ما به عنوان بیت شهید مطهری از شورای نگهبان و شخص جناب‌عالی شکایت کنیم.
اما بخش دیگر این بند یعنی «اقامت فرزند دیگر شما در آمریکا». آیا همان دختری که سرطان داشت و بحمدالله بهبود یافت و تحصیل در رشته پزشکی را در دانشگاه تهران به پایان رسانده بود، وقتی که همسرش که او نیز پزشک است می‌خواهد برای ادامه تحصیل به آمریکا برود، این دختر بگوید من نمی‌آیم، چون ممکن است شورای نگهبان چند سال بعد ایراد بگیرد؟ این چه منطقی است که خود را در جایگاه خدا قرار داده‌اید و با سرنوشت انسان‌ها بازی می‌کنید؟
در بند ۶ آورده‌اید: «عدم رعایت اصل ساده‌زیستی مسئولان براساس ملاحظه فهرستی از اموال غیرمنقول مربوط به همسر و فرزندان، اعلام شده از سوی مراجع قانونی کشور». درخواست می‌کنم همان مراجع قانونی کشور فهرست اموال این خانواده را منتشر کنند. بله به خود آقای لاریجانی از طرف پدر و به همسر ایشان نیز از طرف پدر، هردو به قدر معمول و مانند بقیه مردم میراثی رسیده است، آیا این، عدم رعایت اصل ساده‌زیستی است؟ با این وصف، اگر شما در زمان رحلت پیامبر (ص) حضور داشتید همان کاری را می‌کردید که خلیفه اول با حضرت فاطمه (س) کرد و فدک را از او گرفت.
در بند ۷ به عنوان دلیل دیگر رد صلاحیت گفته‌اید: «تلقی سهیم بودن در بخش‌هایی از نابسامانی و وضع نامطلوب موجود در دولت مستقر». جالب است، به این ترتیب تکلیف آقای قالیباف به عنوان رئیس فعلی مجلس هم روشن شد، چون ایشان هم امروز دولت را کمک می‌کند، پس در بخش‌هایی از نابسامانی و وضع نامطلوب موجود سهیم است و طبق نظر آن شورا باید رد صلاحیت شود. واقعاً این‌ها موجب وهن شورای نگهبان و موجب وهن و سرشکستگی نظام جمهوری اسلامی است. آیا اگر امروز امام خمینی و آیت‌الله مطهری در مقابل شما بودند واقعاً خجالت نمی‌کشیدید؟
در بند ۳ آورده‌اید: «مداخلۀ یکی از فرزندان در قرارداد‌های خدماتی و ساختمانی مجلس شورای اسلامی در زمان ریاست شما بر مجلس شورای اسلامی». این هم عجیب است. اگر سندی دارید ارائه کنید. بنده که ۱۲ سال در مجلس و مدتی هم نایب رییس بودم حتی یک بار فرزندان آقای لاریجانی را در مجلس ندیدم. علاوه بر این، اساساً دو پسر ایشان اهل این کار‌ها نیستند. پسر بزرگ ایشان دکترای مکانیک خود را از دانشگاه صنعتی شریف دریافت کرده است و به رغم دعوت‌های زیادی که از او برای پذیرش سمت‌های دولتی می‌شد هیچ‌کدام را نپذیرفت و با حقوق اندک کار مستقلی برای خود تعریف کرده است، و پسر کوچک‌تر نیز بعد از دریافت مدرک کارشناسی مکانیک خود از دانشگاه صنعتی شریف، طلبه شد و اکنون در قم مشغول تحصیل علوم اسلامی است.
در بند ۲ به عنوان دلیل دیگر گفته‌اید: «حمایت از افراد رد صلاحیت شده و دفاع از عملکرد آن‌ها و به کارگیری برخی از آنان در مناصب تحت امر خود». عجیب است، کاری که وظیفه رییس مجلس بوده است عیب بر او گرفته شده است. هر رییس مجلسی وظیفه دارد که تظلم نمایندگانی را که بی‌جهت رد صلاحیت می‌شوند و مورد ظلم شورای نگهبان قرار می‌گیرند پی‌گیری کند و احیاناً از آن‌ها به خاطر توان‌شان در جایگاه‌های مختلف استفاده کند. معنی این حرف شما این است که شورای نگهبان معصوم است و همه تصمیمات او درست است. بعید است که خودتان چنین عقیده‌ای داشته باشید؛ و در بند ۱ دلیل دیگر رد صلاحیت را چنین ذکر کرده‌اید: «مواضع سیاسی و اظهارات در موضوعات و مقاطع مختلف از جمله فتنه سال ۱۳۸۸». این هم از عجایب روزگار است. اولاً این سخن نقض حرف سخنگوی سابق آن شوراست که می‌گفت ما کسی را به خاطر اظهارنظر رد نمی‌کنیم. ثانیاً در یک موضوع اجتماعی مگر همه باید مانند شما نظر بدهند؟ پس آزادی بیان که مردم از جمله به خاطر آن انقلاب کردند چه می‌شود؟ ثالثاً آقای لاریجانی کجا و کی موضعی به ضرر نظام درباره حوادث سال ۸۸ داشته است؟ تمام تلاش ایشان بر این بوده که دو طرف را به هم نزدیک و به سوی اعتدال دعوت کند.
سخن پایانی این که راهی نیست جز اینکه رویه‌ای را که از زمان انتخابات مجلس در سال ۹۸ در پیش گرفتید و در انتخابات ریاست جمهوری ۱۴۰۰ ادامه دادید تغییر دهید و به نظارت استصوابی با تفسیر خودتان که منجر به استبداد و حذف اکثریت قاطع مردم می‌شود خاتمه دهید. بهتر است با مردم صادقانه برخورد کنید.
مثلاً بهتر بود در دو انتخابات اخیر با مردم صحبت می‌کردید که، چون به عنوان مثال موضوع به ثمر رساندن مسئله انرژی هسته‌ای یا [..]در پیش است این دو انتخابات را به طور موقت با این شکل خاص برگزار می‌کنیم، و‌ای بسا که مردم هم می‌پذیرفتند. در این صورت دیگر نیازی نبود که افراد و نهاد‌هایی حرف‌های بی‌اساس و دروغی را برای رد صلاحیت اشخاصی مانند آقای لاریجانی که احساس می‌شد احتمال رأی‌آوری‌شان زیاد است جعل کنند و ببافند و به امضای جناب‌عالی برسانند.
در همین جا از جناب‌عالی به عنوان دبیر شورای نگهبان درخواست می‌کنم که مطابق قانون مجمع تشخیص مصلحت نظام و سیاست‌های کلی انتخابات، دلایل رد صلاحیت اینجانب را برای مجلس یازدهم و ریاست جمهوری سیزدهم به این بنده اعلام نمایند. در مورد ریاست جمهوری اگر دلیل آن کمبود سابقۀ اجرایی است چرا دو نفری که سابقۀ اجرایی کمتری از اینجانب داشتند تأیید شدند؟ قبلاً سپاس‌گزارم. با تقدیم احترام، علی مطهری»