ماجرای مناظره‌های سال ۸۸ فقط تیر آخر ترکش این جدایی بود. اختلاف اصلی به انتخابات سال ٨٤ بازمی‌گشت؛ زمانی که عاملیت در انتخابات از جامعه روحانیت گرفته و به یک عضو آن داده شد.
روزنامه شرق نوشت: «همه تصور می‌کنند علت اصلی قهر ناطق نوری از جامعه روحانیت مبارز و ترک آن، به سال ٨٨ و آن مناظره‌های معروف بازمی‌گردد. احمدی‌نژاد در آن مناظره گفته بود: «پسر آقای ناطق چطوری میلیاردر شد؟ خود آقای ناطق چطوری دارد زندگی می‌کند؟»
غلامرضا مصباحی‌مقدم، سخنگوی جامعه روحانیت مبارز دیروز برای چندمین بار گفته که ناطق نوری از جامعه روحانیت انتظار داشته که از مواضع او در برابر احمدی‌نژاد حمایت کند؛ کاری که جامعه روحانیت نکرد و ناطق هم عملا راهش را از آنها جدا کرد.
سخنگوی جامعه روحانیت مبارز دیروز به ایلنا گفته است: «شخصا به دفتر ناطق نوری و در مدرسه‌ای که در شمیرانات دارند، رفته‌ام و با او درباره حضورش در جامعه روحانیت تقاضا و صحبت کرده‌ام و دوستان دیگری هم با ایشان صحبت کرده‌اند. حتی گاهی در این باره در حاشیه نشست‌های مجمع تشخیص مصلحت با او گفت‌وگو شده است و آیت‌الله موحدی کرمانی با آقای ناطق نوری صحبت کرده‌اند اما اظهار علاقه و آمدن نمی‌کنند و دلیل آن را اظهار نکردند. اما به تعبیری مبنای نیامدن آقای ناطق نوری عدم رضایتش از مناظره انتخاباتی سال ۸۸ بود که آقای احمدی‌نژاد داشت و این که جامعه روحانیت مبارز در حمایت از ایشان موضع‌گیری نکرد.»
در فضای رسمی و سیاسی هم پذیرفته شده که علت دلخوری ناطق همین است اما همه واقعیت این نیست. ریشه اختلاف ناطق و جامعه روحانیت قدیمی‌تر و جدی‌تر بود. ماجرای مناظره‌ها فقط تیر آخر ترکش این جدایی بود. اختلاف اصلی به انتخابات سال ٨٤ بازمی‌گشت. زمانی که عاملیت در انتخابات از جامعه روحانیت گرفته و به یک عضو آن داده شد. ناطق نوری، عضو جامعه روحانیت مبارز، به واسطه شخصیت حقیقی خود وارد کارزار ائتلاف شده و جامعه روحانیت مبارز را پشت سر گذاشته بود. او رئیس شورای هماهنگی نیروهای انقلاب شده بود.»