سقف معافیت مالیاتی موضوع ماده 52 قانون برنامه پنجم که مربوط به حقوق است در لایحه بودجه سال 93، 120 میلیون ریال در سال تعیین شد.
بر این اساس حقوق ماهانه تا سقف یک میلیون تومان از پرداخت مالیات معاف می‌شود. این در حالی است که سقف معافیت مالیاتی حقوق در سال 92، 830 هزار تومان تعیین شده بود.
بر اساس ماده52 قانون برنامه پنجم سقف معافیت مالیاتی موضوع مواد (84) و (85) قانون مالیاتهای مستقیم در طول برنامه هر ساله در بودجه سنواتی تعیین می‌شود. همچنین در ماده (85)قانون مذکور به جای عبارت « مشمول قانون نظام هماهنگ پرداخت مصوب 12 شهریور 70» عبارت « وزارتخانه‌ها و مؤسسات و سایر دستگاههای دولتی موضوع مواد (1) و (2) و قسمت اخیر ماده (5) قانون مدیریت خدمات کشوری و نیز سایر دستگاههای اجرائی موضوع ماده (5) قانون مدیریت خدمات کشوری و ماده (5)قانون محاسبات عمومی کشور در صورت اجرای فصل دهم قانون مدیریت خدمات کشوری و اصلاحات و الحاقات بعدی آن، قضات، اعضای هیأت علمی دانشگاهها و مؤسسات آموزشی عالی و تحقیقاتی» جایگزین می‌شود.
بنا به ماده 84 قانون مالیاتهای مستقیم، تامیزان یکصد و پنجاه برابر حداقل حقوق مبنای جدول حقوق موضوع ماده ( ۱) قانون نظام هماهنگ پرداخت کارکنان دولت – مصوب ۱۳۷۰ – درآمد سالانه مشمول مالیات حقوق کلیه حقوق بگیران از جمله کارگران مشمول قانون کار، از یک یا چند منبع از پرداخت مالیات معاف می شود.
البته در لایحه اصلاح قانون مالیاتهای مستقیم ماده 84 نیز اصلاح شده به طوری که بر اساس این لایحه تا میزان 84 میلیون ریال درآمد سالیانه مشمول مالیات حقوق از یک یا چند منبع از پرداخت مالیات حقوق معاف است. سازمان امور مالیاتی کشور مکلف است، سقف معافیت مذکور را برای هرسال مطابق شاخص بهای کالاها و خدمات مصرفی شهری سال قبل اعلامی بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران تعیین و پس از تایید وزیر امور اقتصادی و دارایی اعلام کند."
همچنین بنا به ماده 85 قانون مالیاتهای مستقیم نرخ مالیات بردرآمد حقوق در مورد کارکنان مشمول قانون نظام هماهنگ پرداخت کارکنان دولت مصوب۱۳شهریور ۱۳۷۰ پس از کسر معافیت های مقرر در این قانون به نرخ مقطوع 10 درصد و در مورد سایر حقوق بگیران نیز پس از کسر معافیت های مقرر در این قانون تا مبلغ چهل و دو میلیون ریال به نرخ 10 درصد و نسبت به مازاد آن به نرخ های مقرر در ماده ۱۳۱ این قانون خواهد بود.
این ماده نیز در لایحه اصلاح قانون مالیاتهای مستقیم اصلاح شده به صورتی که نرخ مالیات بر درآمد حقوق مازاد بر مبلغ مذکور در ماده ( 84 ) این قانون و تا هفت برابر آن مشمول مالیات سالانه 10 درصد و نسبت به مازاد آن 20 درصد است.