رفتار‌های محیط زیستی زاکانی نیز مانند رفتار‌های انتخاباتی‌اش، موجب آزار بخش‌هایی از جامعه و ارائه تصویری نادرست از تهران شده است. تهرانی‌ها حالا در کارزار‌های مختلف مقابل ایده‌های زاکانی ایستاده‌اند که در مواردی موجب عصبی‌تر شدن این شهردار نامحبوب هم شده است.
محمد درویش، فعال محیط زیست، درباره کازار برکناری زاکانی به «انتخاب» گفت: کارزار به بیش از ۱۵۰ هزار نفر امضا رسیده و با سرعت در حال افزایش است. ریشه‌ی این کارزار به اسفند سال گذشته برمی گردد. زمانیکه شهرداری اعلام کرد در پارک قیطریه خواهان ساخت یک مسجد است و چندین درخت کهنسال در آن قرارداشت. این منطقه خیلی حساس بود و اگر آن مسجد با سطح اشغال ۸۰۰ متر و خاکبرداری ۲۰ متر و مساحت ۳۵۰۰ متر ساخته می‌شد، تمام سیستم زه کش و نظام ریشه‌ای پارک را نابود می‌کرد و چیزی به نام پارک قیطریه نداشتیم. آن کارزار هم نزدیک به ۱۶۰ هزار امضا پیدا کرد و شورای شهر واکنش نشان داد و پروژه را تعطیل کرد. شهرداری پذیرفت که چنین سازه‌ای در آن منطقه ساخته نشود و سازه‌ای ۲۰۰ متری در بخش دیگری از پارک ساخته شود. خیری که قرار بود این کار را بکند خوشبختانه از آن کار هم انصراف داد. به موازات آن شهرداری خواهان تغییر کاربری در پارک لاله را داشت که گونه‌های ارزشمندی در آن قرار دارد. در نهایت جلو توقف آن پروژه هم گرفته شد. آقای زاکانی در تلویزیون گفت که ما مسجد می‌سازیم و می‌خواهیم در چندین پارک مسجد بسازیم. این مسأله شهروندان را تحریک کرد که کارزار جدی‌تر را دنبال کنند. الان ۱۶ متر سرانه فضای سبز است، اما استاندارد آن ۲۵ متر است. اگر بخواهیم با بهانه‌های مختلف سرانه فضای سبز را کاهش دهیم، خردمندانه نیست. ما فضا‌های خالی بسیاری در شهر داریم و شهرداری می‌تواند در آنجا مسجد بسازد. گزارشی مؤسسه جنگل‌ها و مراتع منتشر کرد و ثابت کرد ۱۶ هزار درخت در این سه سال به صورت عمدی خشک شده است. شهرداری دستور داده که به آن‌ها آب ندهند که درگیر آفات شوند. پارک چیتگر نشان می‌دهد که درخت‌های بسیاری خشک شده‌اند. شهردار تمام شهر را از بنر زنده باد درخت پر کرده، اما نهاد‌های رسمی نشان داده‌اند که عملکرد شهرداری در این حوزه قابل دفاع نیست.
او افزود: به نظر می‌رسد درخت‌ها مانع تغییر کاربری و طرح‌های توسعه شهرداری است. این درخت‌ها در جایی قرار گرفته‌اند که زمین‌ها خیلی گران شده‌اند و اگر این درخت‌ها خشک شوند، هتل‌های گران و مراکز تجاری بزرگ در آن‌ها ساخته می‌شود.
وی در ادامه در رابطه با دیگر اقدامات منفی شهردار تهران در حوزه محیط زیست بیان کرد: در تغییر مبلمان شهری از خودرو به بوم محوری نیز شهرداری موفق نبود. شهرداری تهران طرحی را در شورای پنجم به نام طرح توسعه دوچرخه تصویب کرد که زاکانی سریعاً آن را تعطیل کرد و برخی از مسیر‌های ایمن دوچرخه سواری را تخریب کرد. او به هیچ عنوان برای تکمیل این پروژه کاری نکرد و شاهد این هستیم که هر سال تعداد روز‌های ناسالم افزایش پیدا کرده است. این آمارهاییست که شرکت مدیریت ترافیک شهرداری تهران و معاونت حمل و نقل آن را تأیید می‌کند. ما قانون هوای پاک را داریم، اما وضعیت اصلاً قابل دفاع نیست. مطالعه دیگری که شهرداری تهران منتشر کرد، اعلام کرد که ۹۷.۹ درصد مردم تهران دچار افسردگی هستند و تهران را به ابرشهر افسرده ایران معرفی کرد. در این شهر نیاز به همدلی داریم، نه اینکه آلودگی را در آن تشدید کنیم. ادبیات زاکانی که به شدت توهین‌آمیز است و به مردم توجه نمی‌کند و به آن‌ها اتهام می‌زند. رفتار او در انتخابات و مرخصی از شهرداری برای تبلیغ جلیلی نیز شهروندان را بیشتر آزرده کرد.
