اگر چه قطار حومه‌ای می‌تواند نقش مهمی برای جایگزینی مترو برای اتصال شهرهای حومه‌ای کلانشهرها با شهرهای مادر ایفا کند، اما همچنان صنعت حمل و نقل ریلی به دلیل شرایط خاص خود از جمله سنگین بودن هزینه‌های توسعه زیرساخت‌های ریلی و نیز متفاوت بودن ماهیت حمل ریلی کالا با مسافر، از نظر بسیاری از کارشناسان در حقیقت برای حمل کالا خصوصاً برای مسیرهای طولانی به‌صرفه است و جابه‌جایی ریلی مسافری باید به سمت قطارهای سریع‌السیر که علاوه بر ناوگان، زیرساخت مستقل هم می‌طلبد، تغییر رویکرد داده شود.
با این حال استفاده مسافری از خطوط ریلی موجود برای انتقال مسافران شهرهای حومه‌ای می‌تواند بخشی از مشکلات حمل و نقل جاده‌ای و خودرویی از جمله ترافیک بالای ورودی کلانشهرها و به‌خصوص تهران، آلایندگی حمل و نقل خودرویی، تصادفات جاده‌ای و تلفات بالای مسافرت‌های غیر ریلی، مصرف بالای سوخت که می‌تواند ایران را از تولیدکننده به واردکننده بنزین تبدیل کند و مواردی از این دست را حل و مسئولان را مجاب می‌کند تا برای حمل و نقل ریلی مسافران حومه‌ای، یارانه‌های سنگین در نظر بگیرند.
اجرای قطار حومه‌ای در دولت یازدهم به تصویب رسید و با آغاز اجرای قانون برنامه ششم توسعه شکل و شمایل قانونی به خود گرفت و دولت‌ها مکلف به تأمین زیرساخت‌ها و ناوگان اجرای این طرح برای افزایش مسافران ریلی حومه‌ای و انتقال بیشتر سفرها از جاده به ریل شده‌اند؛ به‌خصوص که در سیاست‌های کلی نظام ابلاغی مقام معظم رهبری بر جایگزینی حمل و نقل ریلی با جاده‌ای تأکید شده است. در 2 ماه اخیر مشکلاتی برای مسافران قطارهای حومه‌ای شهرستان‌های شرق استان تهران در خط تهران-ورامین- پیشوا پیش آمده است که عمدتاً به عدم اجرای تکالیف مذکور در قوانین بالادستی و برنامه ششم توسعه در خصوص افزایش زیرساخت و ناوگان ریلی برمی‌گردد. در مدت زمانی مذکور مسافران با چالش‌هایی چون بی‌نظمی در سیر و حرکت زمان قطارهای حومه‌ای ورامین، نبود قطار، خرابی و فرسودگی برخی قطارهای موجود و... مواجه شده‌اند.
هزینه بلیت قطار تهران-ورامین حدود 23 هزار تومان است اما اگر مسافران مجبور شوند به‌جای قطار، روزانه با خودرو (سواری، تاکسی) این مسیر را طی کنند، علاوه بر افزایش خطر سفر مانند تصادف و... مجبورند چند برابر قیمت بلیت قطار را برای رفت و آمد بپردازند.
معاون وزیر راه و شهرسازی و مدیرعامل راه‌آهن، 19 تیر ماه امسال در نشست کمیسیون عالی سوانح، بر اولویت داشتن ایمنی بر گسترش حمل و نقل ریلی بار و مسافر تأکید کرده و با اشاره به اقدام اخیر راه‌آهن در لغو مجوز سیر چند قطار حومه‌ای متعلق به شرکت حمل و نقل ریلی رجا که فاقد ایمنی و کیفیت لازم برای سیر در شبکه ریلی بودند، تصریح کرد: مبنای همه چیز ایمنی و رفاه مردم است.
تمامی ناوگان ریلی ملزم به احراز صلاحیت‌های لازم جهت سیر ایمن در شبکه ریلی هستند، در غیر این‌صورت مجوز سیر آنها لغو خواهد شد. سیدمیعاد صالحی همچنین در توئیتی اعلام کرد: «با توجه به کاهش سطح ایمنی و رفاه ریل‌باس‌های در اختیار شرکت رجا (وابسته به سازمان تأمین اجتماعی) مجوز سیر آنها موقتاً برای یک هفته لغو شد. امیدوارم با توجه به قول مساعد وزیر محترم رفاه، به سرعت این قطارها به چرخه خدمت‌رسانی به مردم عزیز استان تهران بازگردد. البته سعی شده است با بسیج تمام ظرفیت‌ها و فراخوان تعدادی از ریل‌باس‌های راه‌آهن جمهوری اسلامی ایران از سایر استان‌ها، در این مدت خدمت‌رسانی با ریل‌باس‌های باکیفیت‌تر به مردم عزیز ادامه داشته باشد و سرویس‌های ارائه شده نسبت به روزهای گذشته ارتقا یابند.»
همه این موارد حاکی است که شرکت‌های راه‌آهن به عنوان متولی و رگولاتور صنعت ریلی و قطارهای حومه‌ای و شرکت رجا به عنوان مالک قطارهای حومه‌ای به یک تفاهمی برای رفع مشکلات مسافران رسیده‌اند و سایر دستگاه‌های مرتبط در این زمینه از جمله وزارت راه، استانداری تهران، معاونت اجرایی رئیس‌جمهور و... نیز برای رفع مشکلات قطارهای حومه‌ای شرق استان تهران تمام تلاش خود را به کار گرفته‌اند. اگرچه همچنان بسیاری از مسافران تا زمان رفع نواقص فنی ریل‌باس‌های رجا، نسبت به وضعیت فعلی این قطارها و تردد نامنظم شکایت‌هایی دارند. در خصوص علت تعطیلی برخی قطارهای حومه‌ای تلاش کردیم از مسئولان راه‌آهن علت را جویا شویم اما حاضر به پاسخگویی نشدند.
مدیرعامل شرکت رجا در گفت‌و‌گو با «ایران اقتصادی» درباره مشکلات قطار حومه‌ای خصوصاً خط تهران-پیشوا به ماده 52 قانون برنامه ششم توسعه که به موضوع قطارهای حومه‌ای اختصاص دارد، اشاره و اظهار کرد: بر اساس این ماده از قانون برنامه ششم، وظیفه دولت‌ها بوده که قطارهای حومه‌ای را گسترش دهند اما در سال‌های گذشته به این موضوع توجهی نشده است؛ مالکیت بخشی از قطارهای حومه‌ای به راه‌آهن اختصاص دارد اما اکثراً متعلق به شرکت‌های حمل و نقل ریلی هستند ولی مدیریت حمل و نقل ریلی مسافری حومه‌ای با خود راه‌آهن است لذا اختیار توسعه ناوگان هم با شرکت راه‌آهن است. ناصر بختیاری در پاسخ به این پرسش که چرا قطارهای ناایمن یا بی‌کیفیت حومه‌ای بازسازی و تعمیر نمی‌شوند؟ گفت: این نظر مردم نیست و مردم این موضوع را کامل می‌دانند؛ قطارها ایراداتی دارند که شرکت راه‌آهن درخواست برخی بازسازی‌ها را داد که ما تعمیرات مورد نظر راه‌آهن را انجام دادیم ولی دوباره درخواست شده تا استانداردهای بالاتری را در قطارهای حومه‌ای اعمال کنیم و طبیعی است که باید انجام شود.
وی گفت: مشکل تهویه واگن‌ها را برطرف کرده، به راه‌آهن تحویل دادیم و با وجود اینکه در این ایام، سیر با تأیید راه‌آهن صورت گرفته، مجدداً درخواست دیگری داشتند که در حال انجام دادن هستیم. مدیرعامل رجا در پاسخ به این سؤال که خواسته جدید راه‌آهن از شرکت حمل و نقل ریلی رجا چیست، گفت: این سؤال را هم از راه‌آهن بپرسید، معتقدیم این بحث‌ها برای مردم فایده‌ای ندارد. یک ماه پیش گفتند مشکل تهویه‌ها را رفع کنید که انجام دادیم و اسناد آن موجود است. بختیاری مقصر بخشی از مشکلاتی که در قطار حومه‌ای تهران-پیشوا پیش آمده از جمله بی‌نظمی در تردد یا بیش از ظرفیت مسافر سوار کردن را شرکت راه‌آهن دانست و گفت: اخیراً بین رجا و راه‌آهن یک آرامش و مفاهمه‌ای ایجاد شده تا در این میان مردم متضرر نشوند.
ما حاضریم همه امکانات در اختیار خود را به راه‌آهن بدهیم تا مردم استفاده کنند. مدیرعامل رجا قیمت بلیت قطارهای حومه‌ای را نسبت به هزینه تمام شده آن بسیار پایین‌تر دانست و افزود: قیمت تمام شده برای هر صندلی 65 هزار تومان است حال آنکه قیمت هر بلیت بین 2 تا 3 هزار تومان است که اداره این مسأله را برای ما سخت کرده و مرتباً یا باید وام و تسهیلات بانکی دریافت کنیم یا از سایر نهادها قرض بگیریم؛ اگر قیمت بلیت‌ها به هزینه تمام شده نزدیکتر شود، مردم بهره بهتری از آن می‌برند، به‌خصوص در بخش حمل و نقل ریلی مسافری که سوددهی بالایی برای شرکت‌های ریلی ندارد.