روزنامه شرق، پاسخ علی مطهری به آستان قدس در باره پرداخت مالیات توسط این نهاد را منتشر کرده است.
مطهری نوشته است: سخن من درباره مالیات آستان قدس ناظر به نذورات و موقوفات یا ناظر به مالیات تکلیفی و مالیات بر ارزش افزوده نبود بلکه ناظر به مالیات عملکرد شرکت‌ها و مؤسسات وابسته به آستان قدس بود که اکنون محاسبه و پرداخت و به صورت جمعی خرجی عینا به آستان برگشت داده می‌شود و درواقع آستان قدس این بخش از مالیات خود را نمی‌پردازد و البته می‌گوید حکم حکومتی معافیت دارد.
اگر این معافیت را در بخش شرکت‌ها و مؤسسات موقوفه آستان فرضا به دلیل وقف‌بودن آنها بپذیریم، در بخش شرکت‌ها و مؤسسات خصوصی آن پذیرفته نیست، استفاده این شرکت‌ها از امکانات عمومی و امنیتی که حکومت ایجاد کرده است، مثلا استفاده‌ای که شرکتی از آستان قدس از امکانات یک شهرک صنعتی می‌کند و از حقوق عامه است چگونه جبران می‌شود و با این تبعیض‌ها سایر شرکت‌ها چگونه با آنها رقابت کنند.