سخنگوی مدیریت حوزه های علمیه در روزهای اخیر در برخی از رسانه ها، جریانی به دنبال تضعیف روحانیت است و تلاش زیادی صورت گرفت که نهاد دینی را در خصوص بودجه زیرسوال ببرند؛ البته برخی با ادبیات دلسوزانه و با شعار استقلال حوزه این بحث را مطرح کردند؛ مساله استقلال حوزه یک راهبرد استراتژیک مدیریت حوزه است، ولی از این واژه استقلال حوزه، برخی برداشت ناروایی داشته و دارند.
به گزارش انتخاب، حجت الاسلام والمسلمین رفعتی اظهارکرد: دولت ترکیه به نهاد روحانیت و حوزه آن کشور، ۴هزار میلیارد تومان بودجه داده است؛ بودجه دولت ملی مصر به الازهر مشخص است، ولی حوزه علمیه ما با بودجه های مردمی و وقف و.. اداره می شود؛ در دولت طاغوت بسیاری از موقوفات حوزوی به زور تملک شده است.
وی گفت: اگر عایدات حوزه از موقوفات خودش به شکل کامل تامین شود، هیچ نیازی به بودجه حمایتی هم ندارد؛ برای کل حوزه‌های علمیه سراسر کشور اگر نصف بودجه یک دانشگاه مثل دانشگاه تهران ارایه شود، حاضر به گرفتن هیچ کمکی نیستیم.
سخنگوی مدیر حوزه های علمیه با بیان اینکه با نصف بودجه یک دانشگاه تمام حوزه‌های علمیه کشور اداره می‌شوند،بیان کرد: آمار طلاب شاغل به تحصیل در حوزه چند برابر دانشجویان یک دانشگاه است، ولی بودجه ملی آن دانشگاه بسیار زیاد است.