با اجرای صورتحساب الکترونیک (که از اول دی ماه برای همه کسب و کارها الزام‌آور می‌شود) عملاً امکان فاکتورسازی جعلی از بین رفته است.
هر فاکتور باید در لحظه صدور در سامانه مالیاتی ثبت شود و این سامانه به صورت خودکار صحت اطلاعات طرفین معامله را از پایگاه‌های داده مختلف راستی‌آزمایی می‌کند. رتبه‌بندی شرکت‌ها به طور خودکار مبتنی بر سوابق معاملاتی، میزان فروش و تقاطع‌گیری داده‌های سازمان امور مالیاتی با بانک مرکزی، شبکه بانکی، گمرک، بیمه و شهرداری‌ها انجام خواهد گرفت تا اعتبارسنجی صحیحی از وضعیت شرکت صورت بپذیرد.
علیرضا کلاهی رئیس کمیسیون صنایع اتاق بازرگانی، صنایع، معادن و کشاورزی ایران با اشاره به اهمیت حل مشکل فاکتورسازی‌های جعلی شرکت‌های صوری توسط صورتحساب الکترونیک در گفت‌وگو با ایرنا خاطرنشان کرد: «اعتبارسنجی شرکت‌ها به منظور مقابله با فاکتورسازی نیز اقدام مناسبی است. یکی از مشکلات حوزه اقتصادی کشور همین فاکتورهای جعلی هستند که باید در مورد آنها چاره‌اندیشی می‌شد.»
وی افزود: «برخی شرکت‌ها به این موضوع واقف نیستند که یک شرکت در زمینه صدور فاکتور صادقانه عمل نکرده است، در ادامه این موضوع باعث بروز مشکل می‌شود. در همین راستا، اعتبارسنجی شرکت‌ها و رتبه‌بندی آنها به منظور ایجاد سقفی برای صدور فاکتور از سوی شرکت‌ها ایجاد شده که کمک‌کننده خواهد بود.»
یکی از مزایای کلیدی هوشمندسازی مالیات بر ارزش افزوده، ایجاد امکان پرداخت مالیات پس از تسویه نهایی در معاملات نسیه است. در نظام سنتی، مؤدیان موظف بودند حتی پیش از دریافت وجه معامله، مالیات بر ارزش افزوده آن را به دولت پرداخت کنند. این موضوع در اقتصاد ایران که بخش بزرگی از معاملات آن به صورت اعتباری انجام می‌شود، مشکلات زیادی ایجاد کرده بود. در واقع، تولیدکننده‌ای که هنوز پول فروش خود را دریافت نکرده بود، باید مالیات آن را پرداخت می‌کرد؛ امری که باعث فشار نقدینگی، کاهش سرمایه در گردش و حتی رکود تولید می‌شد.
در حال حاضر با استقرار صورتحساب الکترونیک و ثبت زمان واقعی تسویه، نظام مالیاتی این امکان را پیدا کرده تا پرداخت مالیات را منوط به تسویه نهایی معامله کند. این بدان معناست که مؤدی مالیاتی تا زمانی که وجه معامله را دریافت نکرده، موظف به پرداخت مالیات آن نیست.