اگر چه آیفون 6 اس اپل مزایای زیادی دارد، اما برخی کاربران می گویند این گوشی گاهی اوقات خیلی داغ می شود و لذا استفاده از قابلیت Touch ID آن مشکل می‌شود.
این کاربران با حضور در شبکه های اجتماعی نسبت به این موضوع اعتراض کرده اند. حدود دو هفته پیش آیفون 6 اس برای اولین بار عرضه شد و کاربران معترض می‌گویند زمانی که برای روشن کردن گوشی دکمه home آیفون را لمس می کنند نمایشگر سیاه شده و دکمه Touch ID/Home داغ می شود.
البته این مشکل در صورت فشردن مجدد home و قفل کردن گوشی به مدت 10 ثانیه برطرف می‌شود. تعدادی از کاربران هم از کاهش سریع شارژ باتری در زمان وقوع چنین مشکلی خبر داده اند.
عده ای از کاربران آیفون 6 اس هم می گویند بعد از خاموش شدن های ناخواسته گوشی خود نتوانسته اند آن را روشن کرده یا شارژ کنند. البته تعداد کسانی که از این مشکل خبر داده اند، اندک است.
معمولا مدت کوتاهی بعد از عرضه مدل های تازه آیفون خبرهای زیادی در مورد مشکلات و آسیب پذیری های آنها منتشر می شود. چند روز بعد از عرضه آیفون 6 برخی کاربران از خم شدن این گوشی ها در جیب پشتی شلوارشان خبر داده بودند. اپل هنوز واکنشی به اعتراضات جدید نشان نداده است.