رئیس سازمان امور مالیاتی كشور با تاكید بر بخشنامه‌هایی كه طی دو سه سال گذشته برای معافیت ساخت‌وسازهای مسكن‌مهر و تعاونی‌های مشمول این طرح از «پرداخت مالیات» صادر شده است، در بخشنامه جدیدی بر اجرای این معافیت تاكید كرد.
رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور طی بخشنامه جدیدی اعلام کرد: سازندگان مسکن مهر از پرداخت مالیات معاف هستند و در مواردی که مالیات علی‌الحساب دریافت شده باشد، باید معافیت مذکور اعمال شود.
علی عسگری در این بخشنامه اعلام كرده است: پیرو بخشنامه های 7775/200 مورخ 19 3/89، شماره 33590/200 مورخ 14/11/89 و شماره 1978/200 مورخ 15/2/92 مبنی بر اینکه قراردادهای سه جانبه مسکن مهر و همچنین قرارداد تعاونی‌های مسکن مهر مشمول کسر علی‌الحساب مالیات موضوع ماده 104 قانون مالیات‌های مستقیم نیست، بنابراین موکدا یادآور می‌شود با توجه به معافیت مذکور در کسر و ایصال مالیات علی‌الحساب در پرداخت‌های انجام شده بابت قراردادهای مذکور، در هر صورت مطالبه مالیات علی‌الحساب مذکور از تعاونی‌ها بابت پرداخت به سازندگان مسکن مهر موضوعیت نداشته و چنانچه قبل یا پس از ابلاغ بخشنامه‌های مزبور نسبت به مطالبه آن اقدام شده است، در صورت طرح پرونده در مراجع حل اختلاف مالیاتی مراتب معافیت مذکور اعمال شود.
به گزارش دنیای اقتصاد بحث معافیت مالیاتی ساخت و سازهای مسکن مهر در دولت قبل مطرح و سپس تبدیل به مصوبه لازم‌الاجرا شد اما ابهام در متن مصوبه و اینکه آیا تعاونی‌های مسکن مهر هم همچون انبوه‌سازان و پیمانکاران این طرح مشمول معافیت مالیاتی خواهند شد یا نه، مشکلاتی را هم برای دولت و هم برای عوامل این طرح به وجود آورد. این معافیت رقمی در حدود 500هزار تومان تا یک میلیون تومان، هزینه تمام شده ساخت هر واحد مسکونی مهر را کاهش می‌دهد.
در دو سه سال اخیر اختلاف نظر بر سر دامنه معافیت مالیاتی مسکن مهر مشکلاتی برای اعضای تعاونی‌ها بابت تسویه حساب به وجود آورده بود.